Příběh filmu se vrací ještě před děj filmu X-Men Origins: Wolverine a odehrává se v polovině minulého století. Tedy v době kdy byli mladý Charles Xavier (James McAvoy) a Erik Lensherr (Michael Fassbender) velmi blízkými přáteli a teprve se dozvídali o svých schopnostech, které později velmi dobře rozvinuly a naučili se je ovládat.

V době, kdy řádila studená válka, se společně s dalšími mutanty, museli čelit té největší hrozbě, jakou kdy zatím lidstvo potkalo. Jenže cosi se zlomilo a z nejlepších přátel se stali nepřátelé na život a na smrt. Proč se tomu tak stalo? Co se zlomilo v jejich přátelství, které vypadalo neoblomně?

Co vlastně předcházelo okamžiku, kdy se z Charlese stal Profesor X a z Erika Magneto? Tímto započíná válka mezi X-Meny a Bratrstvem, která bude krutá a dlouhá.