Hlavní postavou je kapitán Colter Stevens (Jake Gyllenhaal), který se probouzí v sedadle příměstského vlaku, jenže netuší, jak se tam vzal. Když se probudí, tak naproti sobě uvidí sedět Christinu (Michelle Monaghan). Vůbec neví o koho jde a vidí ji poprvé v životě, jenže ona ho dobře zná.

Colter si uvědomuje, že se probudil v jiném těle, ale než si to pořádně uvědomí, tak je vlak rozmetán výbuchem a následně se objevuje v jakémsi bunkru, který je odizolován od ostatního světa. Pomocí obrazovky se s ním baví důstojnice Goodwin (Vera Farminga) a požaduje od něj informace, které souvisí s výbuchem vlaku. Tyto informace by měli odhalit útočníka.

Tento útočník plánuje další a mnohem větší výbuch, který by měl být přímo v srdci Chicaga, ale tomuto útoku by mohl Colter zabránit a zachránit tak tisíce lidí. Toto všechno je založeno na experimentu, který se jmenuje Zdrojový kód a umožňuje mu existovat v paralelní realitě, kde může být v těle Seana v chicagském vlaku a může ho zde posílat několikrát za sebou. Tímto může získat více času na řešení tohoto problému.